1931年Landsteiner在諾貝爾演說中指出，「血型」的相似與否可能與移植組織的接受或排斥有關。

這個觀念促使Gorer在小白鼠身上發現一群抗原，當捐贈者與受贈者此群抗原相配時，移植體的存活顯著地增加。這些與移植體排斥作用有關的抗原命名為「組織相容性抗原」（Histocompatibility Antigen）。日後發現基因組某一特定區之產物在引起排斥過程中具有絕對的重要性，此區即「主要組織相容性複合體」（Major Histocompatibility Complex；MHC）。

人體的「主要組織相容性複合體」首先於1954年Jean Dausset於白血球之細胞膜上發現，遂稱之為人類白血球抗原（Human Leukocyte Antigen, HLA）；其基因複合體（基因及其產物之合稱）於1965年發現, 稱為「人類淋巴球組織抗原複合體」 (HLA complex)聚集在第6對染色體上。而George Snell則建立了身體細胞對於辨認自體(self)、非自體(non-self)法則的基本觀念，並將其命名為組織相容性抗原(Histocompatibility antigens)簡稱H抗原，George Snell、Jean Dausset與Baruj Benacerraf也共同獲得1980年諾貝爾生理醫學獎。

HLA具有多態性(Polymorphism)、共顯性(Codominant)、連鎖不平衡性(Linkage Disequilibrium；LD)等特性，在等位基因(Allele)的表現上同時具有雜合性優勢(Heterozygote advantage)、免疫優勢性(Immunodominant)，因此對HLA的研究也涉及免疫學、生物學、遺傳學、分子生物學、醫學等多個學科甚至成為獨立學科分支，由於研究範圍龐大組織相容性與免疫研討會(International HLA & Immunogenetics Workshop；IHIW)在國際免疫遺傳學計畫(ImMunoGeneTics project)中也設立了IPD-IMGT/HLA資料庫，各地區也有各自的組織相容性學會並每年召開交流會議，如：美國的組織相容性及免疫遺傳學會(American Society for Histocompatibility and Immunogenetics；ASHI)、歐洲的組織相容會議(European Federation for Immunogenetics；EFI)。

HLA作用：幫助免疫系統識別 

HLA是細胞表面分子，可將胜肽（病原體或其他蛋白質的消化片段）呈遞給T細胞表面的T細胞受體（T Cell Receptor；TCR，即圖中Y形）。